Die Diagnosestellung erfolgt aufgrund der Variabilität des Beginns, der ersten klinischen Symptome und des Verlaufes und nicht zuletzt durch die Seltenheit dieser Erkrankung häufig sehr verzögert.

Von Beginn der ersten neurologischen Symptome bis zur Verdachtsdiagnose einer Niemann-Pick Erkrankung können oft mehrere Jahre vergehen. Übliche, zum Teil sehr aufwendige und schmerzhafte Untersuchungen bei Verdacht auf metabolische Erkrankungen sind unspezifisch.

Diagnosehinweisend sind die Knochenmarksbiopsie, im weiteren Verlauf Blutuntersuchungen bzw. Hautbiopsie beim Typ C. Typ A und B werden durch Messung der ASM-Aktivität in den weißen Blutkörperchen ermittelt.